Cet article retrace un conflit entre les experts et la direction de l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments en décembre 2004. Ce désaccord portait sur la fièvre Q, une maladie animale qui se transmet à l’homme dans des conditions énigmatiques, l’agent infectieux pouvant se propager par le lait ou par voie aérienne. La controverse dévoile l’organisation hiérarchique de l’Agence, et la façon dont l’écriture des avis et rapports qu’elle produit reflète cette hiérarchie et ses conflits. On montre que ces heurts ne peuvent être compris que s’ils sont rapportés à la crise de la vache folle, qui a profondément structuré, en France, le domaine de la sécurité sanitaire des aliments en l’orientant autour des zoonoses.